存在问题

元明清三朝所修都有很多的问题元修宋史资料太少，清修明史雕琢太深，而明修《元史》由于编修时间仓促多采用墓志、神道碑、家传、行述等现成史料堆砌，而且出于众手连裁剪雕琢的时间都没有给史官准备，使它不可避免地存在许多堆砌混乱之处。所指出的问题主要是：随得随抄，前后重复，失于剪裁；又不彼此互对，考定异同，时见抵牾。如本纪或一事而再书，列传或一人而两传。同一专名，译名不一。史文译改，有时全反原意。沿袭案牍之文，,以致《河渠志》、《祭祀志》出现了耿参政、田司徒、郝参政等官称而不记其名。又据案牍编宰相年表，仅删去其官衔而不予考订，以致有姓无名。

《元史》列传照抄碑志家传之类，取舍不当之处甚多。改写纪年的干支，竟有误推一甲子六十年的情况，使史实完全错乱。史料中没有具体庙号的皇帝，改写时弄错的例子甚多，如将太祖误为太宗，太宗误为太祖，宪宗误为世祖，世祖误为宪宗等。纂修人对前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有军号、郡名，《地理志》述沿革，却写成某州已改为某军、某郡之类。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死其帐不旷，由后代后妃世守以享用其岁赐，《后妃表》编者竟据此名单列为某一皇帝的妻妾。,修元史的危素早年就由于参加《宋史》、《辽史》和《金史》的编修，而深负时誉。到了明代，他又与宋濂同修《元史》，更奠定了他在学术上的崇高地位。危素治史的严肃态度，十分值得后世学者效法，当他修纂《元史》的后妃列传时，由于不信任手旁的现成资料，曾经特别买了许多食物送给一些白发宦官，设法获知了实际的情形，然后才下笔写书，一点儿都不肯敷衍马虎。《元史》问世后，明朝的徐一夔也说：顺帝在位三十六年的事，既无实录可据，,又没有参考书，只凭采访写成，恐怕史事未必核实。清代史学家对它表示了不满，钱大昕则是不满者中持激烈否定态度的一个。他指出：古今史成之速，未有如《元史》者，而文之陋劣，亦无如《元史》者开国功臣，首称四杰，而赤老温无传。尚主世胄，不过数家，而郓国亦无传。丞相见于表者五十有九人，而立传者不及其半本纪或一事而再书，列传或一人而两传。所以清人钱大昕嘲笑修《元史》者，皆草泽腐儒，不谙掌故，因此下笔无不差谬。

不过，由于《元史》的编纂距元朝灭亡只有一两年时间，元朝的一些史料，当时还没有得到。如明人说元代用人行政皆分内外三等。奴隶处于社会的最低层。有一个江西人七岁时为过骑所掠，被辗转卖到一个蒙古牧主手里，带到蒙古地区。主人将他改名察罕，给一领皮衣御寒，令他放牧二千头羊，早出晚归。所牧羊有死、伤、逃逸或养瘦的，都要遭到鞭鞋。这个江西人的遭遇，很具体地反映了蒙古地区奴隶阶级的状况。就资料而言，在长期战乱之后，,史籍散失很多，一时难以征集，很难完备，已经收集到的资料，由于太过传说不符史家思想，也没有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、档案等等，都是很大的缺憾。像大将常遇春攻克开平，俘获元顺帝北逃时带走的史料，因是洪武三年六月，《元史》已二次修成。这些史料就来不及引用了。又因当时的编纂人不懂蒙古文，考订的功夫也不够，造成《元史》中出现了不少问题，如有的应立传而无传，甚至开国勋臣的传记也有缺略；,有的一个人立有两传。至于史实错误，译音不统一等，就更不胜枚举。因此，阅读《元史》，应参考《元朝秘史》、《蒙古源流》等书籍。更重要的是历代史书都有艺文志，哪怕元修宋史各家书籍故意减少不载也没有删除，到了元史中就直接略过了可能是史官对至元毁藏的不认同认为元朝时文人只能听曲写曲。

明成祖时命解缙改修《元史》，他写了《元史正误》一书。后来，参加纂修《元史》的朱右又写《元史拾遗》，许浩作《元史阐微》等，都是对《元史》的订正和补充。清朝的学者，进一步对《元史》加以考证和改编，成果累累，像邵远平的《元史类编》、魏源的《元史新编》、洪钧的《元史译文证补》、曾廉的《元书》、屠寄的《蒙兀儿史记》等；还有从《永乐大典》中辑出的《元朝秘史》。这些书籍对《元史》作了不少增补考证，但仍有许多遗漏。,直到清末民初的柯劭忞撰成了《新元史》。1921年，北洋政府总统徐世昌，下令把柯劭忞《新元史》列入正史，1922年刊行于世。这样，原来中央政府承认的官修史书二十四史就成了二十五史，若再加上《清史稿》则称为二十六史。但它们都不能取代《元史》原书。