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《儒林外史》的初刻本，据吴敬梓的侄孙女婿金和在《儒林外史跋》里说，是吴敬梓的表侄金兆燕作扬州府教授时梓以行世的，其时当在1768至1789年间，可惜此种全刻本尚未发现。

今见最早刻本是嘉庆八年卧闲草堂的中箱本共十六册，五十六回，卷首有乾隆元年暑闲斋老人的序。有疑闲斋老人即吴敬梓，未有确证。作序的时间，也有疑为假托。或谓此本即最早刻本或最早刻本的翻印本。多数章回有回末总评其次是嘉庆二十一年的清江浦注礼阁本和艺古堂本，此二本的版框、行格、文字都全同于卧本，实是卧本的复印本。

上海图书馆藏一部嘉庆威丰间的苏州潘氏抄本，抄主潘世思卒于咸丰四年，出现的时间自当在此前。书内有潘祖荫手书的批二条。此抄本出于卧本，绝大部分章回都按卧本照抄，订正了卧本的一些明显讹误，极少更动。但第三十七回以及第五十二至第五十六回，在文字上作了较多的减省和改动。

同治八年有苏州群玉斋活字本，也出于卧本，字大清晰，是当时很流行的版本，天目山评本和从好斋辑校本都以此为腐本。此本复印过多次，初版附有金和写的跋，其后各版，有的的删落金和跋。同治十三年有上海申报馆第一次排印本，系以苏州群玉斋本为直接底本。

光绪七年有上海申报馆第二次排印本，它直承第一次排印本而又做了一番校订。此本最大的特点是印有天目山的评点，有句中双行夹批和部分回末总评。如果说以上各种版本基本上都按照卧闲直堂本，那么，同治十三年的齐省堂增订本则对卧本作了大量的减省改订。

光绪十四年出现增补齐省堂本，以齐省堂本为底本又增补上四回。卷首有这一年东武惜红生写的序，序末有居世绅的印章，盏即屠世所增补。所增凼回文字，从原本第四十三回中间插入，直到第四十七回上半回，写沈琼枝成为盐商宋为富妾，到寺院乞仙借种等事，正如鲁迅所说：既不伦，语复猥陋。